治疗瘊子最有效的药可以分为口服外用或者其他的方法，口服药物可以选择匹多莫德或者香菇菌多糖这样的免疫调节的药物。或者口服中药汤剂，常用的中药汤剂成分为板蓝根、大青叶、红花、赤芍、马齿苋、木贼、香附，煎水200ml，日两次口服。外用药的选择，可以应用重组人干扰素α-2b软膏、咪喹莫特软膏或者维A酸软膏来进行治疗。
除了上述药物之外，还可以应用冷冻、电离子或者二氧化碳激光烧灼的方式进行治疗。在进行上述治疗之后，需要每天涂抹夫西地酸软膏，一天两次预防感染。同时，在治疗期间需要忌酒，忌食辛辣刺激性饮食，不能拿手抠猴子，以免引起感染。